二人一起购买商店，但只能写下一人的名字，签署一份协议

在您提到的情况下，如果房产证上只写了一人的名字，但你们之间签署了共同出资购买商铺的协议，这份协议在法律上仍然是有效的。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议，只要协议内容合法、双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，即为有效。因此，即便房产证上只写了一人名字，共同出资购买协议依然能保障您的权益。
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从法律角度，为确保共同购买商铺的权益得到保障，建议：一、尽量在房产证上注明所有共同购买人的名字；二、签订详细的共同出资购买合同，明确出资比例、权属份额等；三、保留好所有出资证明及合同原件；四、如有必要，可咨询专业律师，对合同进行法律审查，确保合同内容的合法性和有效性。
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若未来发生纠纷，你们可根据签署的共同出资购买协议来维护自己的权益。具体操作包括：首先，保留好协议原件及所有出资证明；其次，在协商无果的情况下，可依据协议内容向法院提起诉讼，要求确认共同所有权或进行财产分割；最后，法院会根据协议内容及实际出资情况，依法作出判决。